抵达之后，改由山东巡抚朱大典统一指挥。朱大典之前一直在福建任职，在北方军队里没有人脉。那些没参加叛变的东江军人、山东本地兵马以及张可大的浙兵残部和孙元化这个老上级关系比较融洽，作为援军主力的关宁诸将则是与孙元化一同在袁崇焕部下作战过。为了稳定前线军心，崇祯也就没有贸然动在莱州打得还不错的孙元化。

待到登州收复，再把孙元化下狱问罪就有点说不过去了。虽然登州乱起时他有失察之过，但是毕竟打了胜仗。而且崇祯发现，温体仁一党一心想搞垮周延儒，借着孙元化的事情大做文章。过多的弹劾让崇祯反而对孙元化没那么厌恶了，于是，他对孙元化仅仅贬官了事，又让与周延儒同年的陈应元就任登莱巡抚。崇祯才不会顺着温体仁的意直接把周延儒斗倒，他要收拾一下周延儒，但还是要留着他，以此牵制温体仁。

其实在和臣子斗心眼时，崇祯的水平还是很高的。哪怕是崇祯末年，大明朝要完蛋的时候，崇祯也牢牢手握大权。

可那会儿李自成都打到北京城外了，抓着权力还有什么用？

孙元化的职务是分巡潞安、泽州两地军务，但是他的手上没有一兵一卒。张宗衡和许鼎臣现在头上都多了“剿匪不力”的帽子，崇祯对他们不大满意。所以，这二位对兵权抓得死死的，抓紧时间对各路反王发动进攻。经过一番艰难的操作，孙元化总算把马祥麟和张凤仪划到了自己麾下，虽然只有两千人，但总算不是光杆司令了。

马祥麟和张凤仪的队伍与各路反王交战损失了一些，还有一些不愿再打仗，遣散回老家了。石柱土司对于明朝还是很忠诚的，但朝廷这样无休止地征调他们，武将们还好，普通士兵还是产生了很强的厌战情绪。

他们中有的人自从崇祯二年就离开家乡打仗了，流寇并不像奢崇明、安邦彦那样关涉他们的切身利益，和这些人作战，他们实在提不起劲头来。