上官婉儿深得唐中宗李显、韦皇后信任，专秉内政，祖父一案也被平反，上官仪追赠中书令、秦州都督、楚国公，上官庭芝追赠黄门侍郎、岐州刺史、天水郡公。此后，上官婉儿经常劝说李显，大量设置昭文馆学士，广召当朝词学之臣，多次赐宴游乐，赋诗唱和。每次都同时代替李显和韦皇后和安乐公主，数首并作，诗句优美，时人大多传诵唱和。对大臣所作之诗，李显又令她进行评定，名列第一者，常赏赐金爵，贵重无比。因此，朝廷内外，吟诗作赋，靡然成风。上官婉儿酷爱藏书，曾藏书万余卷，所藏之书均以香薰之，百年之后，其书流落民间，依然芳香扑鼻且无虫蛀。

其母郑氏去世后追谥为节义夫人，婉儿上表将自己的品级降为婕妤以示哀悼，不久之后恢复，李显派人又在上官婉儿居地穿池筑岩，穷极雕饰，常引大臣宴乐其中。当时，宫禁宽疏，允许宫内官员任意出入，上官婉儿遂与一些宫官在宫外购筑宅第，经常与他们交接往来，有的人因此而求得高官要职，中书侍郎崔湜就是因为与上官婉儿在外宅私通，后被引以为相的。不久，崔湜又在主持铨选时，多有违失，被御史李尚隐弹劾，以罪被贬外州司马；也因上官婉儿和安乐公主为其申理，仍官复原职。

太平公主势力日盛，上官婉儿又依附太平公主，李显突然驾崩，韦皇后将台阁政职、内外兵马大权以及中央禁军等全部安排了自己的党羽和族人，朝政大权尽落韦氏之手。上官婉儿与太平公主起草了一份遗诏，立李重茂为皇太子，李旦辅政，韦皇后为皇太后摄政，以平衡各方势力，然而宰相宗楚客、韦温更改诏书，劝韦后效仿武则天。

得到消息的临淄王李隆基与太平公主商议，决定先下手为强，发动唐隆之变，以禁军官兵攻入宫中，杀死韦后、安乐公主及所有韦后一党。在李隆基率军进入宫中时，上官婉儿执烛率宫人迎接，并把她与太平公主所拟遗诏拿给刘幽求观看，以证明自己是和李唐宗室站在一起的，刘幽求拿着遗诏求李隆基开恩，但李隆基不许，斩上官婉儿于旗下，后葬于雍州咸阳县茂道乡洪渎原，太平公主非常哀伤，派人去吊祭，并出钱五百匹绢。

史事讲将2隋唐五代三月天