尚让，起义军横尸三十里。各地勤王军都来到长安，在渭桥与黄巢军大战，黄巢军败退入城，李克用乘胜追击，从光泰门进城，与起义军战于望春宫升阳殿，黄巢军败退，向南逃到蓝田。长安被唐军收复，李克用军功居首，唐僖宗任命李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使，任命李国昌为雁门以北行营节度使。其父李国昌去世，李克用派其弟李克修攻打昭义的孟方立，夺下泽、潞二州。孟方立败走山东，以邢、洺、磁三州军队另外组建昭义军，黄巢向南败走到蔡州，降服秦宗权，攻打陈州。

李克用率兵五万去援救陈州，想借道河阳，诸葛爽不同意，率部在河中渡河。在太康击败尚让，又在西华击败黄邺，黄巢且败且退，到中牟，到达黄河边还没渡河，而李克用率兵追来，黄巢军惊恐溃败。等到了封丘，李克用再次击败黄巢军，黄巢脱身逃跑，李克用追击，一天一夜奔驰三百里，追到冤朐，没追上才被迫回军。

李克用讨伐黄巢后，路过汴州，在封禅寺休军整顿，朱温在上源驿宴请李克用，李克用乘酒醉大发脾气，惹怒了朱温。晚上，酒席散后，李克用喝醉睡着，朱温埋伏的士兵出来，放火烧房，仆人郭景铢熄灭蜡烛，将李克用藏在床下，用水泼醒李克用并告诉他。幸好天降大雨把火灭了，李克用与随从薛铁山、贺回鹘等，借着闪电的光亮，从尉氏门用绳索坠城逃出，回到自己的部队，史称“上源驿之变”。

李克用来到太原，将此事上告唐僖宗，请求出兵汴州，并派其弟李克修领兵一万人驻扎在河中地区待命，唐僖宗劝和才平息了这事。同时，因为击破黄巢的功劳，唐廷封李克用为“陇西郡王”。

河中节度使王重荣因与宦官田令孜有过节，田令孜进言派王重荣调任兖州，任命定州的王处存为河中节度使，并下诏书让李克用出兵保护王处存的辖地。王重荣命人转告李克用：“天子下诏书给他，等李克用来了，让他与王处存一起诛杀李克用。”并因此伪造诏书给李克用看，说：“这是朱温的阴谋。”李克用信以为真，八次上表请求讨伐朱温，唐僖宗不同意，李克用非常愤怒。

王重荣不受命调任，唐僖宗命邠州的朱玫、凤翔的李昌符去讨伐他，而李克用却出兵相助王重荣，在沙苑击败朱玫，引兵攻打长安，到处纵火、掠夺。唐僖宗出逃到兴元，李克用退兵驻扎河中，朱玫造反出兵追唐僖宗，但没有赶上唐僖宗，只是抓住了襄王李煴。朱玫逼迫李煴称帝，屯兵凤翔，唐僖宗认为只有李克用能击败朱玫，但李克用却不愿为唐僖宗所用。

当初在长安破黄巢时，天下兵马都监杨复恭与李克用关系很好，唐僖宗派谏议大夫刘崇望带着诏书去征召李克用，并说是杨复恭的想法，让李克用出兵讨伐朱玫等势力，李克用表面上答应了，但却不带兵前往。

李克用击破孟迁，夺取邢、洺、磁三州，又命安金俊在云州攻打赫连铎。幽州李匡威出兵救赫连铎，李匡威与安金俊在蔚州交战，安金俊大败。于是，李匡威、赫连铎和朱温都上书趁李克用战败要乘机讨伐他，唐昭宗认为李克用破黄巢功高，不该去讨伐他，召集台省四品以上官员讨论这事，参加讨论的官员大多说不可以讨伐李克用。宰相张浚一人认为沙陀部族曾逼僖宗逃难至兴元，罪该至死，可以讨伐，军容使杨复恭与李克用交情很好，他也极力上谏认为不可以讨伐，唐昭宗同意了他的谏言，下诏书告知朱温等人。

朱温暗中贿赂张浚，让张浚更加坚定原来的建议，唐昭宗迫不得已，任命张浚为太原四面行营兵马都统，韩建为副使，前去讨伐李克用。潞州将领冯霸叛变向朱温投降，朱派葛从周入驻潞州，唐朝廷任命京兆尹孙揆为昭义军节度使，李克用派李存孝在长子抓了孙揆，又派康君立夺取了潞州。张浚与李克用在阴地交战，张浚军三战三败，张浚、韩建逃回。李克