朱载坖对于这种以私函处理政务的形式早就有所不满的，之前是为了加强朝廷对于新政的推动，朱载坖对于内阁以私函处理政务采取了容忍的态度的，而从嘉靖以来，内阁权力扩张已经是不争的事实了，张璁、夏言、严嵩、高拱、张居正等一众强势首辅。他们在朝廷中枢不仅享有“专决、 专票拟、专应对”的政治特权，同时还取得了近似于前代宰相的权力，这点是从嘉靖以来的大趋势。

张居正当时的说法就是：“不榖当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书。”很显然，当时的张居正已经将自己的私函作为一种政务文书性质的东西了，阁臣通过私函与在外督抚直接联系，是一个非常之普遍的事情了。后来的张四维、申时行等阁臣，也相沿成习，使用这种所谓的私函作为处理政务的重要手段。

这就是使得这些阁臣的私函极大地增强了其政治属性及功能，并深度嵌入至当时朝廷中枢治国理政的体制机制中，以致后人论之曰：“江陵秉政，一切机宜皆从书札得之。”

之前有御史也上疏讨论过此事，认为阁臣使用私函处理公务，是不正当的行为，甚至有御史和给事中认为这是阁臣专擅，对此申时行也做了解释：“阁臣以平章政事为职，而用人则政事之大者，故文官自京堂，武官自参将以上，部臣亦与臣等商量。至于各地方事情，若关系重大，督抚等官岂得不与臣等言之？”

当时朱载坖并没有对此事表达什么意见，只是将御史的上疏予以留中，但是私下里则是命令厂卫调查此事，申时行和私函联系范围是极为广泛的，申时行函商的对象涉及到部院、封疆、科道、三司、府县、外差等各级各类官员逾３００人，函询的内容涵盖边防、赈灾、人事、税赋、兵备、河工等国务诸层面。其数量之多、牵涉之广、探讨之细，在历朝内阁辅臣中堪称首屈一指。

当然，这也并不能够说明申时行专权或者是在私下里背着朱载坖干些什么事情，其实这已经成为了现在朝廷上的一种风气了，与公开的奏疏相比，官员之间的公事私函保密性更高，且无严格的形式要求或时程限制，随写随寄，方便快捷，极大地疏通了中央与地方公务处理运行的迟滞，迅速成为朝廷中枢决策机制的重要补充。

之前王锡爵也就此事向朱载坖上疏过，王锡爵就认为：“盖奏疏拘而书札畅，奏疏板而书札活，奏疏仅可一二而书札不嫌于再三，奏疏或虞泄漏而书札他人无从见。”

这种私函确实是有一定的好处的，主要就是便于下情上达，对于朝廷来说，有些事情是不便在这种私函当中进行解释的，凡军国大事或治下疑难杂症，部院封疆等大臣在正式向朝廷奏事请旨之前，往往会先与内阁辅臣，尤其是要与“主票拟”的首辅进行深入的“私函”沟通。反向同理，内阁辅臣们为了推动国家重大决策或指挥具体公务，也会通过“私函”，事先征询部院主官、封疆大吏、科道领袖、致仕重臣等的意见。双方在信函往复之间，或相互筹商或彼此诘辩或互诉衷肠，直至双方商榷出基本思路，再经奏本或题本正式上报朝廷。

这样其实就是在大明的制度之外形成了一套特有的政治协商体制，内阁、部院和督抚们通过私函交流政务，先尽可能的达成一致，然后在加以实行，这样才能够尽可能的保证朝廷的政策能够迅速加以实施，从这个角度来说，这些私函是有一定效果的。

但是这样也使得朝廷的决策模糊，甚至一些政策的实施被打了折扣，督抚通过向辅臣私函奏事，不经由朝廷和通政司，使得整个朝廷中枢受到蒙蔽，尤其是皇帝，对于政策的执行情况是一无所知的，这点朱载坖是不能接受的。

所以对于这种情况，朱载坖认为要严厉予以整顿，同时这种私函处理公务也是有很大风险的，这种形式完全依赖辅臣执政能力和个人威望，当