尽管他有功勋德望，仍恐怕不能感动穆宗。待到裴度禀奏河北讨贼情况，陈辞慷慨激切，扬声于殿廷，在座者无不直身敬重。即使是武将公卿，也有为之叹息落泪者。委任裴度代理司徒、扬州大都督府长史，任淮南节度使，进阶为光禄大夫。

当时，朱克融、王廷凑虽已接受朝廷授予的符节和斧钺，却未解除对深州的围困。裴度刚从太原出发时，即去信给二人，晓以大义。朱克融撤去围困的军队，王廷凑也撤军退却。宫廷使臣有人从深州返京禀报军情，穆宗非常高兴，当天又派宫廷使臣去深州接出牛元翼；并让裴度再次去信给王廷凑。裴度在顺路来京都长安途中接到诏书，中使到裴度的信，称：“臣入朝谢恩后，立即在东都执行留守任务。恐怕王廷凑得知臣已无兵权，便违背以前的约定，请考虑改换别给他去信。”使臣便将裴度的信呈送朝廷，并拟更奏报此事。待到裴度抵达京城，进殿应对明辨是非，穆宗正为深州被围忧愁，于是委任裴度为淮南节度使。

此前，监军使刘承偕倚仗穆宗宠信凌辱昭义节度使刘悟，三军将士群情愤激，大肆喧闹，抓了刘承偕，打算杀了他。他的两个侍从已被杀，刘悟护救，刘承偕才得以免死，因而将刘承偕囚禁起来。穆宗下诏让刘悟将刘承偕送还京城，刘悟以军情为由推托，不按时奉行诏令。到裴度受任淮南节度使时，宰相们在延英殿进奏，裴度也在场，穆宗向裴度询问此事，裴度为刘悟辩解，并请求穆宗下诏斩杀刘承偕。穆宗低下头思考了好久，说：“我并不怜惜刘承偕，只是因为他是太后的养子。现在他被囚禁，太后还不知道。如果您的处置办法还未想好，可再议合适的办法。”裴度与王播等再进奏说：“只要将刘承偕流放到偏远条件恶劣的地方，他一定能被放出来。”穆宗认为这样处置恰当，刘承偕果然得以返回京城。

裴度刚被册拜为司徒，徐州便奏报：武宁军节度副使王智兴驱逐了节度使崔群，自称留后。朝廷惊骇，当即命裴度任司徒、同平章事，仍主持朝政。并委派王播接替裴度镇守淮南。

裴度与李逢吉一向不和，裴度从太原入朝奏事，那些忌恨裴度的大臣认为李逢吉善于搞阴谋诡计，足以设计构陷裴度，于是从襄阳召李逢吉入朝，任兵部尚书。裴度再次主政后，魏弘简、刘承偕的党羽仍在宫中。李逢吉采用同宗兄弟之子李仲言的计谋，通过医士郑注与中尉王守澄勾结，使宫内官员都帮助李逢吉。左神策军奏报：告发人李赏声称和王府司马于方受元稹指使，勾结刺客要行刺裴度。穆宗命左仆射韩皋、给事中郑覃与李逢吉三人审理此案，案未审毕，就将元稹贬为同州刺史，裴度贬为左仆射，李逢吉接替裴度为相。

从此，李逢吉党羽李仲言、张又新、李续等，勾结宦官，煽动朝臣建立朋党来阻挠裴度，当时号称“八关十六子”，“八”、“十六”，都是所勾结相关人员数字。而裴度的丑恶名声，传闻日甚一日。穆宗就将裴度调出朝廷任司空、山南西道节度使，不带“平章事”之衔。

王廷凑听说襄阳节度使牛元翼去世，竟将在镇州的牛元翼一家杀尽，刚即位不久的唐敬宗李湛听说牛家惨遭屠杀，连日痛惋叹息，进而感叹宰相不是所任之才，致使奸臣抗命忤逆到如此地步。翰林学士韦处厚趁机上疏为裴度申诉。敬宗感到惊讶而省悟，见裴度的奏章不署“平章事”职衔，问韦处厚说：“裴度曾任宰相，为什么没有‘平章事’职衔？”韦处厚于是奏禀：“被李逢吉排挤，裴度以仆射之职出镇兴元，就从原有的职衔中去掉了。”敬宗说：“怎么到这种地步。”次日，下诏恢复裴度兼任同平章事。但李逢吉的党羽害怕裴度重被起用。称与裴度熟识的袁王府长史武昭想要谋害李逢吉。判罪定案时，武昭已死，他们想要借此牵连裴度，但公众舆论都卫护裴度而归罪李逢吉。敬宗逐渐明白了事情的真相，凡有使者前往兴